Souta mengaku jika dirinya sedang mencari sebuah pintu. Tanpa disangka, Suzume menemukan pintu rapuh yang berada di tengah reruntuhan.
Melihat pintu itu, Suzume pun langsung mengingat laki-laki itu. Akan tetapi rasa penasarannya membuat Suzume memutuskan untuk membuka pintu tersebut.
Tak disangka, apa yang dilakukan Suzume tersebut merupakan sebuah kesalahan lantaran pasca pintu yang ditemukan itu terbuka, Suzume pun langsung tertarik ke dalamnya bersamaan dengan terbukanya pintu-pintu lain di Jepang dan munculnya berbagai bencana di Jepang.
Bencana yang sebelumnya tertahan oleh pintu rapuh tersebut seakan langsung saja bermunculan seiring dengan terbukanya pintu.
Untuk mengatasinya, Suzume pun harus segera menutup semua pintu yang terbuka tersebut. Dan dari sanalah petualangan Suzume dalam mencegah terjadinya bencana dengan menutup semua pintu yang terbuka akan dimulai.