Rafael Alun Trisambodo juga diduga sebagai pemilik beberapa perusahaan, salah satunya PT Artha Mega Ekadhana (AME), yang menyediakan jasa konsultasi akuntansi dan perpajakan. Penyidik KPK juga menemukan bahwa Rafael menerima uang sebesar US$90.000 melalui PT AME.
Barang bukti lain yang disita oleh Penyidik KPK adalah brankas berisi uang senilai Rp32,2 miliar dalam mata uang dolar Amerika Serikat, dolar Singapura, dan euro yang disimpan di sebuah bank.
Tersangka Rafael Alun Trisambodo dijerat dengan Pasal 12B Undang-Undang (UU) Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi (Tipikor) No. 31 Tahun 1999, sebagaimana telah diubah dengan UU No.20 Tahun 2001 ***